在线绘制“美貌与智慧并重”的圆形相关系数弦图,给文章加分!方格网法计算土方量的主要步骤和方法视频?

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俗话说“一图胜千言”,而一张“美貌与智慧并重”的图放在文章中,往往会让审稿人眼前一亮,无形中给文章加分!相关系数是生物医学论文中最常见的一个指标,用于描述两个连续变量之间的线性相关程度,例如A基因的表达是否和B基因的表达正相关?基因A的表达是否与其甲基化程度负相关等等。最常用的就是皮尔森相关系数,其值介于-1和1之间。相关系数与相关

俗话说“一图胜千言”,而一张“美貌与智慧并重”的图放在文章中,往往会让审稿人眼前一亮,无形中给文章加分!

相关系数生物医学论文中最常见的一个指标,用于描述两个连续变量之间的线性相关程度,例如A基因的表达是否和B基因的表达正相关?基因A的表达是否与其甲基化程度负相关等等。最常用的就是皮尔森相关系数,其值介于-1和1之间。

相关系数与相关程度一般划分为:

?? 0.8 – 1.0 极强相关

?? 0.6 – 0.8 强相关

?? 0.4 – 0.6 中等程度相关

?? 0.2 – 0.4 弱相关

?? 0.0 – 0.2 极弱相关或无相关。

R语言中,我们可以使用cor()函数来计算相关性。

Python语言中,我们可以使用scipy.stats.pearsonr函数来计算相关性。

对于多个基因,计算出来的就是一个相关系数矩阵,如图1所示。

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图1. 相关性矩阵

虽然这种展示方式非常直观,然而看起来比较费劲,同时占空间比较大。这时,我们可以使用圆形形式来展示相关系数矩阵,如图2所示。圆形有着天然的魅力,因为从视觉运动方面来讲,曲线具有天然的平滑性、节奏感、饱满、扩张和一定方向感,因此会让人感觉很柔美、很丰富,并且有深度和动感(摘自网络)。

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图2. 圆形相关系数图

1.打开圆形相关系数绘图页面

首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开圆形相关系数绘制页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。也可以在主页搜索框中搜索相关系数,找到绘图页面。

微生信-在线绘制圆形相关系数图

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图3.可视化绘图页面

2,示例数据

点击右侧“示例数据”链接下载excel格式的示例数据。

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图4. 输入数据示例

示例数据(仅供参考)为矩阵形式,其中

行为基因

列为样品

行列相交的cell为基因在该样品中的表达值。一般需要用标准化后的值进行计算。

注意:需要参考示例数据,将自己的数据在excel中整理成示例数据的样式,每个cell都需要有,表达值不能为空或者NA。行列相反的话,可以转置后使用。

3,粘贴示例数据

直接复制示例数据中的A-K列数据,然后粘贴到输入框。

注意:不是拷贝excel文件,是拷贝excel文件里边的数据。另外粘贴到输入框后,格式乱了没关系,只要在excel中是整齐的就行。并且数据矩阵中不能有空的单元格,中文字符等。

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图5. 必需输入

4,修改参数,并提交

我们设置了数据转换、相关系数计算方法、图片尺寸、colorbar位置、连线颜色、基因颜色、字体等参数,基本能满足日常绘图使用。如需更高级的定制,请联系我们。

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图6.颜色、字体、colorbar位置等可调参数

5,提交出图

粘贴好输入数据,调整好参数(或者全部默认)后,点击提交按钮,几秒钟后,会在页面右侧出现预览图。我们提供了4种图片格式供下载使用,两种矢量图(pdf,svg)和两种标量图(600 dpi tiff和300 dpi png)。同时提供了相关系数矩阵计算结果供下载。

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图7.预览与下载

图解读:

该图为弦图,外圈是11个基因,内圈为基因间的相关系数连线。其中A-B,与B-A的相关系数仅保留1次,因此每个弦上延伸出来10条带(去掉了自身与自身的),红色带表示正相关,绿色带表示负相关,颜色越深表示相关性越大(越正相关或越负相关),带越宽表示绝对值越大。弦上的刻度表示该基因与其他基因间的相关性的绝对值之和,因此其刻度和长度不是固定的。

没有预览就没有出图,这时请参考示例数据,检查自己输入数据的格式。

遇到文字截断,需要修改字体、调整字体大小等,请参考科研作图实操:用inkscape编辑svg矢量图

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